En las colecciones especiales de la biblioteca están:
Fondo antiguo
La Biblioteca dispone de un importante fondo bibliográfico antiguo. En este fondo podemos encontrar:
- Incunables del siglo XV
- Manuscritos de los siglos XVI al XIX
- Libros de los siglos XVI-XIX
Sala Menacho
Fondo donado en 1952 por D. Benito Menacho Ulibarri. Consta de unos 6.841 volúmenes.
Sala Montenegro
En 1969, el Ministerio de Educación y Ciencia compró la biblioteca particular de D. José María Montenegro Soto, formada por unos 2.414 volúmenes de temática variada aunque predomina literatura, en sus diversos géneros.